A Mata Atlântica foi explorada na época do pau-brasil, pelo cultivo de café e pela cana de açucar, por causa das explorações a existem hoje apenas 7% de toda a Mata Atlântica. Algumas espécies de animais e vegetais começaram a serem extintas e isso ocorreu com espécies que viviam apenas aqui.
Na tentativa de preservar o que restou dessa riqueza, foram criadas diversas Unidades de Conservação (áreas de preservação previstas em Lei), . Com o mesmo intuito, foi aprovada a Lei da Mata Atlântica (Lei Nº285/99) em 2006, que acaba com as controvérsias acerca de sua extensão e características principais, além de definir medidas de preservação.
Mesmo assim, a Mata Atlântica sofre a pressão do crescente aumento das cidades e da poluição que põem em risco as tentativas de preservá-la.
No último levantamento realizado pelo INPE (Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais) em parceria com a Oong
SOS Mata Atlântica, que abrangeu 60% do bioma, foi constatado que, mesmo com a diminuição de 71% no ritmo de desflorestamento, as áreas degradadas somam 95.066 hectares. Destes, 73.561 estão concentrados em Santa Catarina e Paraná trazendo diversos problemas não só ao meio ambiente, mas, também ao homem. Vale lembrar que o desmatamento é uma das principais causas da desertificação (processo de transformação de terras férteis em terras inférteis) que vem afetando seriamente o sul do país.
Em 1862, ao passar uma grave crise de escassez hídrica, o Governo Imperial iniciou a recuperação da área de Mata Atlântica que havia sido degradada pelos cerca de 160 engenhos e lavouras de café que existiam na região da cidade do Rio de Janeiro. Através do replantio de árvores típicas foi recuperado o que hoje é a Floresta da Tijuca.
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